Në vitin 1959, pranë Fakultetit të Mjekësisë u krijua Dega e Stomatologjisë, e cila fillimisht u përfaqësua nga një grup pedagogësh të brendshëm dhe të jashtëm. Më 1964, kjo degë u organizua në tri katedra të veçanta: Katedra e Terapisë, Katedra e Kirurgjisë dhe Katedra e Ortopedisë Stomatologjike. Pas një periudhe të suksesshme, në vitin 1998, këto tri katedra u bashkuan dhe formuan një Departament të vetëm, i cili mbeti i tillë deri në vitin 2011, kur u krijuan tre seksione të reja: Terapia, Kirurgjia Oro-Maxillo-Faciale dhe Ortopedia Stomatologjike, të cilat u integruan në Njësinë Bazë të Stomatologjisë.

Fakulteti i Mjekësisë Dentare, si një strukturë e pavarur, u themelua në vitin 2013, nëpërmjet një vendimi të Këshillit të Ministrave (VKM Nr. 43), duke u shkëputur nga Fakulteti i Mjekësisë. Aktualisht, Fakulteti është i ndarë në tri departamente të specializuara: Departamenti i Terapisë Stomatologjike, Departamenti i Kirurgjisë Oro-Maxillo-Faciale dhe Paraklinike, dhe Departamenti i Ortopedisë Stomatologjike.