Historiku i Fakultetit të Mjekësisë Dentare fillon me themelimin e Degës së Stomatologjisë në vitin 1959. Dega e Stomatologjisë u krijua pranë Fakultetit të Mjekësisë dhe përfaqësohej nga tre pedagogë të brendshëm: Dr. Dhori Pojani, Dr. Osman Hoxha dhe Dr. Dhimitra Lira dhe dy pedagogë të jashtëm: Dr. Xhevdet Asllani dhe Dr. Skender Topulli. Ky staf pedagogësh ishte iniciatori i parë për studimet dentare në Republikën e Shqipërisë.
Në vitin 1964, Dega e Stomatologjisë u organizua në tre katedra kryesore: Katedra e Terapisë Stomatologjike, Katedra e Kirurgjisë Stomatologjike dhe Katedra e Ortopedisë Stomatologjike.
Fakulteti i Mjekësisë Dentare, si një strukturë e pavarur, u themelua në vitin 2013, nëpërmjet një vendimi të Këshillit të Ministrave (VKM Nr. 43), duke u shkëputur nga Fakulteti i Mjekësisë. Aktualisht, Fakulteti është i ndarë në tri departamente të specializuara: Departamenti i Terapisë Stomatologjike, Departamenti i Kirurgjisë Oro-Maxillo-Faciale dhe Paraklinike, dhe Departamenti i Ortopedisë Stomatologjike.