I. DEPARTAMENTI I MORFOLOGJISË
1. Seksioni i Anatomisë
2. Seksioni i Histologjisë

II. DEPARTAMENTI I LËNDËVE BIOMJEKËSORE DHE EKSPERIMENTALE
1. Seksioni i Fiziologjisë
2. Seksioni i Farmakologjisë
3. Seksioni i Fispatologjisë

III. DEPARTAMENTI I SËMUNDJEVE TË BRENDESHME
1. Shërbimi i Hematologjisë
2. Shërbimi i Gastrohepatologjisë
3. Shërbimi i Hipertonisë dhe Mjekësisë Interne
4. Shërbimi i Nefrologjisë
5. Shërbimi i Endokrinologjisë
6. Shërbimi i Alergologjisë
7. Shërbimi i Reumatologjisë
8. Shërbimi i Sëmundjeve Pulmonare

IV. DEPARTAMENTI I LABORATORËVE
1. Shërbimi i Biokimisë
2. Shërbimi i Imunologjisë
3. Shërbimi i Mikrobiologjisë

V. DEPARTAMENTI I SEMIOLOGJISË IMAZHERIKE DHE KLINIKE
1. Shërbimi i Semiologjisë Imazherike
2. Shërbimi i Semiologjisë Klinike

VI. DEPARTAMENTI I SËMUNDJEVE TË ZEMRËS DHE ENËVE TË GJAKUT
1. Shërbimi i Kardiologjisë Nr. 1
2. Shërbimi i Kardiologjisë Nr. 2
3. Shërbimi i Mjekimit Intensiv
4. Shërbimi i Kirurgjisë Kardiake
5. Shërbimi i Sëmundjeve Vazale

VII. DEPARTAMENTI I SËMUNDJE INFEKTIVE, SËMUNDJEVE TË LËKURËS
1. Shërbimi i Sëmundjeve Infektive
2. Shërbimi i Sëmundjeve të Lëkurës

VIII. DEPARTAMENTI I KIRURGJISË
1. Shërbimi i Kirurgjisë së Përgjithshme
2. Shërbimi i Kirurgjisë Nr. 1
3. Shërbimi i Djegieve Plastike
4. Shërbimi i Onkologjisë
5. Shërbimi i Urologjisë
6. Shërbimi i Ortopedi – Traumatologji
7. Shërbimi Anestezi – Reanimacion
8. Shërbimi i Urgjencës Mjekësore
9. Shërbimi i Toksikologjisë

IX. DEPARTAMENTI I ORL-OKULISTIKËS
1. Shërbimi i O.R.L.
2. Shërbimi i Okulistikës

X. DEPARTAMENTI I PEDIATRISË
1. Shërbimi i Pediatrisë së Përgjithshme
2. Shërbimi i Sëmundjeve Ngjitëse
3. Shërbimi i Neonatologjisë
4. Shërbimi i Pediatrisë Speciale Nr. 1
5. Shërbimi i Pediatrisë Speciale Nr. 2
6. Shërbimi i Nefrologjisë Pediatrike
7. Shërbimi i Terapisë Intensive
8. Shërbimi i Kirurgjisë Pediatrike
9. Shërbimi i Onko – Hematologjisë
10. Seksioni i Gjenetikës

XI. DEPARTAMENTI I NEUROSHKENCËS
1. Shërbimi i Neurokirurgjisë
2.Shërbimi i Neurologjisë
3. Shërbimi i Psikiatrisë

XII. DEPARTAMENTI I OBSTRETIK GJINEKOLOGJISË
SHËRBIMI NR.1
1. Shërbimi i Obstetrikës
2. Shërbimi i Gjinekologjisë
3. Shërbimi i Patologjisë së Hershme dhe të Vonshme të Shtatzanisë

SHËRBIMI NR.2
1. Shërbimi i Obstetrisë
2. Shërbimi i Gjinekologjisë
3. Shërbimi i Patologjisë së Hershme dhe të Vonshme të Shtatzanisë

XIII. DEPARTAMENTI I ANATOMISË PATALOGJIKE, MJEKËSISË LIGJORE
1. Shërbimi i Anatomisë Patologjike
2. Shërbimi i Mjekësisë Ligjore

XIV. DEPARTAMENTI I MJEKUT TË FAMILJES DHE I SËMUNDJEVE PROFESIONALE
1. Shërbimi i sëmundjeve profesionale

XV. DEPARTAMENTI I FARMACISË

XVI. DEPARTAMENTI I SHËNDETIT PUBLIK